El Instituto de enseñanza secundaria “Fray Juan de Padilla” fue fundado por el R. P. Fray  Jaime Gil López, Ofm. Este Instituto fue debidamente registrado y legalmente incorporado a la Secretaría de Educación Pública con fecha 24 de agosto de 1955, bajo la clave escolar  E S  532-36.

El año 1955 solamente hubo primer año con 19 alumnos. En el año escolar 1956-1957, hubo primero y segundo con 17 alumnos en ambos grupos. En el ciclo 1957-1598, ya con tres grupos de secundaria; el primer año integrado por 27 alumnos, el segundo y el tercero por 16 alumnos, respectivamente.

Doce años después, se hacen trámites para que la incorporación de la secundaria sea legalmente reconocida por el Sistema Estatal. Se logra la incorporación al nuevo sistema y se obtiene el día 1º de septiembre de 1967 de acuerdo con el Artículo 26 de la Ley Orgánica de la Educación Pública Reglamentaria del Artículo 3º Constitucional. La incorporación que se otorga implica la validez automática y total de sus estudios, siempre que se cumpla con los requisitos legales relativos. Clave con la que queda registrada es: 14PESO116Y.